नाइलिट, गंगटोक विभिन्न उद्योगों तथा सरकारी विभागों के कर्मचारियों के लिए क्षमता निर्माण के कार्यक्रमों से सक्रिय रूप से जुड़ा हुआ है। इस क्षेत्र में कार्य करते हुए, नाइलिट, गंगटोक ने स्थानीय विभागों तथा उद्योगों की आवश्यकताओं के अनुसार विशिष्ट प्रशिक्षण मॉड्यूल तैयार करने में विशेषज्ञता हासिल कर ली है। सिक्किम सरकार के लेखा एवं प्रशासनिक प्रशिक्षण संस्थान (एएटीआई) के माध्यम से, नाइलिट, गंगटोक सरकारी कर्मचारियों को बीसीसी तथा सीसीसी जैसे पाठ्यक्रमों में नियमित रूप से प्रशिक्षण प्रदान कर रहा है। नाइलिट, गंगटोक सूचना प्रौद्योगिकी विभाग, सिक्किम सरकार के सहयोग से संयुक्त प्रमाणन योजना के अन्तर्गत समय-समय पर विशिष्ट पाठ्यक्रम चला रहा है।